Het APF moet per collectiviteitskring het financieel toetsingskader (FTK) toepassen. Dat geldt ook voor de verslagstaten en bijvoorbeeld de actuariële certificering. Om dit te realiseren zal per kring onder andere een balans opgesteld moeten worden en ook de jaarrekening en het jaarverslag dienen voor het (maatschappelijk) gewenste inzicht per kring opgesteld moeten worden. Dit betekent dat de pensioenuitvoeringsorganisatie die de pensioenadministratie voor het APF verzorgt in staat moet zijn gescheiden pensioenadministraties uit te voeren.
Voor verzekeraars die een APF oprichten, kan dit echter wel een uitdaging zijn omdat de systemen die gebruikt worden voor de administratie van collectieve pensioencontracten meestal niet ingericht zijn op pensioenfondsen. Het voeren van een pensioenfondsadministratie, en dan specifiek het uitvoeren van jaarwerk en het maken van berekeningen in het kader van het nFTK, stelt aanvullende eisen aan een administratiesysteem.
Daarnaast geldt voor alle APF’en, ongeacht de oprichter hiervan, dat echte kostenbesparingen in de pensioenadministratie slechts te behalen zijn bij verregaande standaardisatie. Dit betekent dat pensioenregelingen mogelijk aangepast of gestandaardiseerd moeten worden alvorens partijen toetreden tot het APF.